Учился в якутской и красноярской гимназиях. В 1880 г. поступил на физико-математический факультет Петербургского университета, который окончил в мае 1884 г. со степенью кандидата. Уже на 2-м курсе, серьезно заинтересовавшись химией, он опубликовал в "Журнале Русского физико-химического общества" первую научную работу - "О составе серных желваков из Бахмутской огнеупорной глины", выполненную под руководством профессора Н.Любавина. Будучи студентом 3-го курса, перешел в лабораторию А.Бутлерова, общение с которым определило дальнейшую творческую деятельность начинающего ученого, избравшего своей специальностью органическую химию. Развивая позднее одно из заложенных Бутлеровым направлений - синтезы и изомеризацию непредельных углеводородов - К. получил результаты мирового значения. В 1885 г., отбыв воинскую повинность, он был оставлен при университете для подготовки к профессорскому званию. К продолжил работу под руководством Бутлерова, но смерть учителя осложнила его положение. Проработав несколько месяцев сверхштатным лаборантом по химии, в 1886 г. он перешел на должность штатного лаборанта по физиологической химии в Варшавский университет, которую занимал до 1895 г. Одновременно проводил лабораторные занятия со студентами-медиками по общей химии, качественному и количественному анализу. В 1893 г. К. сдал магистерский экзамен при Петербургском университете, а в следующем году успешно защитил магистерскую диссертацию "О синтезах под влиянием хлористого цинка в жирном ряду". В процессе подготовки диссертации ему удалось открыть каталитические реакции превращения непредельных углеводородов алифатического ряда под влиянием хлорида цинка, послужившие основой промышленных процессов переработки нефтехимического сырья.

В феврале 1895 г. К. был назначен экстраординарным профессором фармации Юрьевского университета (Эстония) и одновременно директором Фармацевтического института при этом университете. Приход К. в Юрьевский университет вначале вызвал неблагожелательную реакцию части профессорского и студенческого состава, т.к. будучи по призванию химиком-органиком, он не проявлял особого интереса к проблемам фармации и фармакологии. Положение К. усугублялось и другими причинами, в частности, его тяжелым и неуживчивым характером. Вскоре после назначения в Юрьевский университет К. поставил вопрос о пересмотре и изменении планов преподавания на фармацевтическом отделении университета по примеру лучших европейских фармацевтических институтов. При этом чисто фармацевтические работы были заменены очень злободневными в то время работами в области органического синтеза. Это позволило создать ряд новых ценных фармацевтических препаратов. С февраля 1898 г. К. читал теоретические курсы по фармации, фармакогнозии, фармацевтической химии и судебно-химическому анализу, руководил практическими занятиями студентов по качественному и судебно-химическому анализу.

Период работы К. в Юрьевском университете (1895-1918) оказался самым продуктивным в его научной деятельности. Развивая "бутлеровское" направление, К. продолжал исследования по полимеризации углеводородов, которые привели его в 1901 г. к важному открытию - установлению возможности превращения симметричного диметилбутадиена в эластичный полимер. Это был 2-й углеводород после изопрена: синтез последнего К. осуществил в 1887 г., хотя и не сумев тогда его идентифицировать. Ему удалось заполимеризовать изопрен в каучукоподобное вещество и сделать вывод о возможности полимеризации в эластомер дивинила и различных его гомологов. Последующие работы немецкого химика К.Д.Гарриеса и русского химика С.Лебедева по полимеризации диеновых углеводородов были бы невозможны без работ К. На основе его разработок в Германии в 1916 г. было организовано производство первых партий так называемого диметилкаучука (полимер диметилбутадиена). По этому методу было получено около 3000 т синтетического каучука, из которого изготовляли аккумуляторные коробки для подводных лодок. К. первым установил способность металлического натрия вызывать полимеризацию диметилбутадиена. В 1912 г. К. опубликовал первую в мировой истории монографию о синтетическом каучуке. К сожалению, в это время он выступил с необоснованными претензиями на ряд открытий в области синтетического каучука, что отрицательно сказалось на его авторитете ученого. Во время работы в Юрьевском университете К. также занимался исследованиями в области химии терпенов.

Лит.: Илометс Т. Иван Лаврентьевич Кондаков // Уч. зап. Тартус. университета, 1969. т. V, вып. 235.